
软件介绍
Jmol是一款针对3D化学结构的分子浏览器,使用jQuery的HTML5纯网页应用程序、Java小程序、独立的Java程序(Jmol.jar)和 “无头 ”服务器端组件(JmolData.jar),Jmol与用于光谱学的JSpecView、用于2D-》3D转换的JSME、用于图像的POV-Ray以及用于3D打印的CAD程序(VRML导出)有良好的接口。想要查看各种化学物品的3D结构,就可以试试这款软件。
软件功能
活跃的、有益的、世界性的用户群体;每年约有100,000次下载。
适用于所有现代浏览器的HTML5/画布图形,包括iOS和移动端。
占地面积极小的选项(50K),用于简单的交互式结构显示。
额外的服务器端Java、独立Java和签名Java小程序选项。
完全的晶体对称性能力
加载多种曲面格式,并在飞行中创建和显示曲面。
与jQuery兼容的可定制的基于web的界面(并且需要)。
脚本语言文档完善,有1000多个代币。
读取超过60种文件格式,包括PyMOL (PSE)会话文件。
从体积(CUBE)数据中创建高度压缩(300:1)的表面文件。
可导出为GIF、JPG、PNG、PDF、WRL、POV-Ray、OBJ格式。
为纯HTML5应用程序使用定制的、优化的Java-to-JavaScript编译。
用于Swing和PDF导出的客户端JavaScript的通用JavaScript库
JSpecView模块功能。
读取JCAMP-DX、CML、AnIML格式。
交互式真实和预测的1H NMR光谱。
交互式红外光谱、拉曼光谱、核磁共振、气相色谱/质谱、紫外/可见光光谱。
软件官网
http://jmol.sourceforge.net/
软件综述
Jmol 是一款分子可视化软件,由于其开源且免费,在科研人员群体中很受欢迎。它支持多种分子格式,可以加载分子结构并进行动态旋转、缩放和平移操作,还可以生成分子模型的图像和动画。
Jmol 的主要优点包括:
- 免费且开源:Jmol 是免费的,并且其源代码可以自由获取和修改。这样使得其可以在各种平台上使用,包括 Windows、Mac 和 Linux。
- 广泛的支持:Jmol 可以读取多种分子格式,包括 PDB、MMTF、CIF 和 XYZ。这样使得它适用于多种分子模拟程序。
- 易于使用:Jmol 具有简单的用户界面,即使是初学者也可以轻松使用。它提供了多种工具和菜单,可以帮助用户轻松地可视化和分析分子结构。
- 强大的功能:Jmol 具有许多强大的功能,包括分子表面生成、分子对接、分子动力学模拟和分子轨道理论计算等。这些功能可以帮助用户深入了解分子结构和性质。
Jmol 的缺点包括:
- 计算量大:Jmol 在处理大型分子时可能会遇到性能问题。
- 缺乏一些高级功能:Jmol 缺乏一些高级功能,例如分子轨道可视化和量子化学计算。
- 界面不够现代化:Jmol 的用户界面看起来有些过时,可能不如其他现代分子可视化软件那么美观。
总的来说,Jmol 是一款功能强大的分子可视化软件,其免费且开源的特点使其成为科研人员和教育工作者的一款很好的选择。然而,其计算量大、缺乏一些高级功能和界面不够现代化等缺点也限制了其应用范围。