
软件介绍
Dnaman是一款高度集成化的分子生物学综合应用软件,用户可以通过软件进行生物学方面的工作或者学习,软件可用于核酸,蛋白质序列,限制性酶切等分析,几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作,DNAman生物学家必备的一款工具。
软件特色
1、DNA和蛋白质序列编辑。
2、DNA序列转化。
3、多序列比对,对齐编辑和分析。
4、系统树分析。
5、DNA或蛋白质序列的点阵比较。
6、DNA序列组装和编辑。
7、BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索。
8、序列和数据库中的增强型图案搜索。
9、SiRNA选择器。
10、限制分析。
11、绘制序列图与出版品质。
12、限制模式预测。
13、电子克隆。
14、从限制片段重建限制图。
15、静音突变分析创建/破坏限制性位点。
16、导向不匹配以创建/破坏限制站点。
17、翻译和密码子使用分析。
18、蛋白质疏水性/亲水性分析。
19、蛋白质表征:等电点的序列组成和预测。
20、蛋白质二级结构预测。
21、反向翻译。
22、PCR和测序引物的设计。
23、表征DNA或引物序列的热力学性质。
24、分歧分析。
25、管理寡核苷酸,DNA和蛋白质数据库。
26、生成随机序列。
安装步骤
1、双击.exe文件进入DNAMAN安装导向界面,点击【Next】继续安装。
2、进入DNAMAN安装协议界面,点击【I accept the agreement】,然后点击【next】。
3、选择DNAMAN安装位置,点击【next】,软件会默认安装,或者您可以点击【Browse】,弹出安装位置界面,您可以自己选择DNAMAN安装位置,选择完成后点击【NEXT】。
4、准备安装DNAMAN,您可以检查一下软件安装位置是否正确,如果正确点击【Install】。
5、DNAMAN软件正在安装中,您需要耐心等待软件安装。
6、DNAMAN软件安装完成,点击【finish】退出软件安装。
汉化教程
1、安装完成后将汉化补丁复制到安装目录下替换源文件即可,一般默认安装目录为:C:Program Files (x86)DNAMAN。
2、双击DNAMAN_patch.exe,点击【下一步】。
3、点击【开始】就可以。
4、软件会自动汉化,点击确定就可了。
使用方法
1、打开软件点击软件顶部的点击File,在弹出的选择中选择new。
2、在新建好的对话框中输入DNA序列。
3、输入完后,同时按住键盘上Ctrl和A,选中序列,并单击软件顶部“seq”图中以为大家标注出来。
4、然后点击软件顶部的Sequence选项,在弹出的选项中点击Display,在二级菜单中点击Rev.Compl.Sequence。
5、然后就可以得到原序列的反向互补序列。
DNAMAN设计引物
1、先要拿到自己要设计引物的目的基因。
2、打开DNAMAN软件,打开软件后点击软件菜单栏的Primer选项,在弹出的选择中选择Load Primer,在二甲菜单中选择From Input选项。
3、导入文件后,点击菜单栏的Primer选项,在弹出的选项中选择Melting Temperature。
4、打开Melting Temperature对话框,您可以修改Thermo这个选项,Thermo值一般在55℃到70℃之间比较好。
5、从上图可以看到我们这20个碱基的Tm值只有49度,显然太低,需要增加碱基数量。我们取前24个碱基粘贴进去,点击下方Show Tm便可以看到这个引物的Tm值,发现是60.3度,很合适,就用这个了。这样正向引物就设计完了,把这24个碱基序列保存下来。
常见问题
如何用DNAMAN导出序列比对图?
1、打开DNAMAN软件,打开软件后,点击菜单栏的Sequence选项,在弹出的选项中选择Load Sequence,在弹出的二级菜单中点击Multiple,选择您要添加对比的文件。
2、导入序列后,点击Sequence,在弹出的选项中选择Alignment,再选择Multiple Sequence Alignment,参数全部保持默认,点“下一步”就可以。
3、然后就可以得到最终对比结果。
软件功能
1、数据库管理
选择数据库|经理命令打开数据库管理器”对话框。
2、DNA和蛋白质数据库
该软件的数据库功能,允许用户组织DNA和蛋白质序列的不同科目。
3、编辑记录信息
有关特定记录的信息可以编辑。在序列列表框中,所有记录按字母顺序或记录顺序列出。每个记录名字的数量显示记录的记录号ID.用DNAMAN自动分配。因此,您可以为不同的记录使用相同的名称。
4、扫描序列的相似性
它扫描所有的序列记录在默认的数据库搜索当前序列的同源序列。如果默认数据库包含DNA序列,则默认序列必须是DNA序列。如果默认数据库包含蛋白质序列,则默认序列必须是蛋白质序列。DNAMAN将使用快速对准方法扫描数据库的序列相似性。您可以选择对结果的最终输出使用快速对齐或最佳对齐方式。
5、错配分析
错配分析的目的是找到所有可能的退火位点的DNA序列的引物在默认。此功能可用于PCR和DNA测序的引物选择。权重矩阵用来区分引物位置的重要性。由于引物在3’末端对目标DNA的匹配比PCR扩增的5末端更重要,所以更多的权重被赋予3’末端。为了提高PCR引物的特异性,应始终检查引物与靶DNA之间是否存在次级退火位点。
更新日志
1、将bug扫地出门进行到底。
2、有史以来最稳定版本。
软件官网
http://www.lynnon.com/
软件综述
DNAman 是一款先进的分子生物学研究软件,它能够帮助研究人员有效地分析和管理 DNA 序列数据。
DNAman 的主要功能包括:
- DNA 序列分析。 DNAman 提供了一系列强大的分析工具,帮助研究人员识别重复序列、寻找开放阅读框、检测保守序列等。
- DNA 序列编辑。 DNAman 允许用户轻松地编辑 DNA 序列,包括插入、删除、替换和复制操作。
- DNA 序列注释。 DNAman 允许用户对 DNA 序列添加注释,包括基因名称、功能、限制性内切酶识别位点等。
- DNA 序列比较。 DNAman 可以比较两个或多个 DNA 序列,并生成详细的比较报告,突出显示序列之间的差异。
- DNA 序列翻译。 DNAman 可以将 DNA 序列翻译成蛋白质序列。
- DNA 序列转换。 DNAman 可以将 DNA 序列转换为各种格式,包括 FASTA、GenBank 和 EMBL。
DNAman 是一款功能强大且易于使用的分子生物学研究软件,它受到来自世界各地研究人员的广泛认可和使用。
DNAman 的优点包括:
- 直观的界面。 DNAman 的界面非常直观,即使是初学者也可以轻松使用。
- 强大的分析工具。 DNAman 提供了一系列强大的分析工具,帮助研究人员深入了解 DNA 序列。
- 丰富的功能。 DNAman 具有丰富的功能,能够满足各种分子生物学研究需求。
- 兼容性强。 DNAman 兼容各种操作系统,包括 Windows、Mac 和 Linux。
DNAman 的缺点包括:
- 价格昂贵。 DNAman 是一款商业软件,其价格相对昂贵。
- 技术支持有限。 DNAman 的技术支持相对有限,用户可能需要花费较长时间来解决问题。
总体而言,DNAman 是一款功能强大、易于使用、兼容性强的分子生物学研究软件,但是其价格相对昂贵,技术支持有限。